Wśród nich znalazła się uchwała w sprawie przyjęcia regulaminu rozgrywek o mistrzostwo II ligi w sezonie 2013/2014. Ustalono, że zespoły, które w sezonie 2013/2014 II ligi zajmą miejsca 9-18 w tabeli każdej grupy, w następnym sezonie będą występować we właściwej terytorialnie grupie III ligi. Po zakończeniu rozgrywek III ligi w sezonie 2013/2014 do II ligi awansują dwa kluby wyłonione w meczach barażowych spośród mistrzów poszczególnych grup III ligi.
Jednocześnie zarząd PZPN zobowiązał Okręgowe Związki Piłki Nożnej do przeprowadzenie do końca sezonu 2013/2014 konsultacji wśród klubów III-ligowych, dotyczących reorganizacji na tym poziomie rozgrywek. Do końca nadchodzącego sezonu kluby III ligi w porozumieniu z OZPN mają podjąć decyzję w sprawie kształtu reformy rozgrywek III-ligowych, której efekty poznamy na starcie sezonu 2015/2016.
Zarząd PZPN unormował także przepisy dotyczące zgłaszania nowych klubów do rozgrywek prowadzonych przez PZPN oraz OZPN. W myśl przyjętej uchwały klub zgłaszający się do PZPN, rozpoczyna rozgrywki mistrzowskie od najniższej klasy rozgrywkowej w danym Związku Piłki Nożnej.
Za zgodą właściwego Wojewódzkiego Związku Piłki Nożnej, prowadzącego dane rozgrywki, klub zgłaszający się do PZPN lub zgłaszający do rozgrywek drużynę seniorów może rozpocząć rozgrywki mistrzowskie od przedostatniej klasy w danym Związku Piłki Nożnej, ale nie wyższej niż klasa A.
Za zgodą właściwego Wojewódzkiego Związku Piłki Nożnej prowadzącego rozgrywki oraz PZPN, klub zgłaszający się do PZPN lub zgłaszający do rozgrywek drużynę w kategorii seniorów może rozpocząć rozgrywki mistrzowskie od klasy o jeden wyższej od przedostatniej w danym Związku Piłki Nożnej, ale nie wyższej niż klasa okręgowa. Powyższe zasady nie dotyczą klubów, których drużyna uczestniczyła wcześniej w rozgrywkach seniorskich za wyjątkiem zgłoszenia drużyn rezerw.
Mając na uwadze przyjęte przepisy, dotyczące zgłaszania nowych drużyn do rozgrywek, zarząd PZPN na wniosek Mazowieckiego Związku Piłki Nożnej zgodził się na dołączenie klubu MKS Polonia Warszawa do rozgrywek mazowieckiej ligi okręgowej w sezonie 2013/2014.